Nasceu em 14.5.1796, em Santo Antão, concelho de Évora. Era sobrinho do então Bispo de Leiria, D. Manuel de Aguiar. E, possivelmente, foi pela influência do tio que ele optou pela vida eclesiástica. Doutorou-se em Teologia na Universidade de Coimbra, em 30 de Junho de 1822. Seguidamente foi Cónego das Sés de Leiria e de Évora. Em 24.12.1856 foi eleito Bispo de Bragança, tomando posse, por procuração, em Setembro do ano seguinte. Em Novembro desse ano (1857) entrou solenemente na Diocese. Na quaresma do ano seguinte suspendeu o Abade de Baçal por irregularidades de comportamento. Essa suspenção gerou um caso que o marcou: o Barão de Santa Bárbara, Bernardo Baptista da Fonseca, amigo e protector do Abade de Baçal, dirigiu-se ao Bispo para que lhe levantasse a suspenção. O Bispo resistiu e, como fosse insensível, o Barão chegou a erguer a espada para o agredir. No dia seguinte (por coincidência, numa Sexta-Feira Santa), D. João de Aguiar pôs-se a caminho da sua Terra natal para não mais voltar. Esse abandono fez com que a Diocese de Bragança, entrasse em anarquia religiosa generalizada. O P, José Luís Alves Feijó que na sua ausência, governava a Diocese também saíra, com a eleição para deputado. Entretanto D. João de Aguiar que tão maus serviços tinha prestado a Bragança, com o abandono do Bispado, foi nomeado Bispo de Beja, em 1864. Mas a Santa Sé, sabendo que se tinha portado mal, para com a Diocese de Bragança, não lhe confirmou a nomeação, pelo que este resignou em 1871. Veio a falecer em 2 de Fevereiro de 1875. Entretanto, em 20 de Agosto de 1870, foi nomeado Bispo de Bragança, precisamente D. José Luís Alves Feijó que na ausência de D. João de Aguiar, governara a Diocese, abandonando-a para cumprir as funções de deputado.
