Nasceu em Montalegre nos princípios do séc. XVI. Foi o 44.° Prior da Real Colegiada de N.a Sr.a da Oliveira, em Guimarães, tendo assumido essas funções no ano de 1539. Nessa altura D. Gomes Afonso desempenhava as competências de segundo Inquisidor da Inquisição de Coimbra. A Raínha D. Isabel, filha de D. João 111, foi quem promoveu a sua elevação a D. Prior da Colegiada de Guimarães, um dos títulos mais importantes da hierarquia religiosa da época. Era arcebispo de Braga o Infante D. Henrique, irmão de D. João 111. As polémicas entre o arcebispo de Braga e o Priorado de Guimarães, vinham desde o condado Portucalense, em grande parte, por causa da Igreja de S. Miguel do Castelo (actual capela do mesmo nome) que dependia directamente de Papa e não dos arcebispos bracarenses. D. Henrique que em 21 de Abril de 1540 passou a arcebispo de Évora e que foi elevado a cardeal, por Paulo III, em 16 de Dezembro de 1545, resolveu visitar a Colegiada de Guimarães, invadindo a vila, visto que D. Gomes Afonso não lhe quis dar guarida, com o estatuto de súbdito do arcebispo. Como este vinha acompanhado de. um corpo militar para ímpõr a entrada, o Prior e todos os seus cónegos retiraram-se em sinal de protesto, queixando-se àSanta Sé. O arcebispo acabou por violentar a entrada, arrombando a sacrário o que lhe mereceu grande repúdio popular e sanções da Santa Sé.
A verdade é que D. Gomes Afonso não se lhe submeteu, saindo prestigiado da contenda, a demonstrar o seu espírito de Barrosão. Foi Prior até 1568. Dele fala largamente o quinzenário O Povo de Barroso, n.° 13, de 14.1.1991.
